Công văn 7118/CT-QLNT ngày 25/9/2026 hướng dẫn xử lý trường hợp thuế GTGT đầu vào kê khai, khấu trừ bị sai sót và cách khai bổ sung theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Ngày 25/9/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 7118/CT-QLNT về việc khai thuế, trong đó hướng dẫn xử lý trường hợp thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót.
Công văn được ban hành trên cơ sở đề nghị hướng dẫn của Thuế tỉnh Phú Thọ tại Công văn 4133/PTH-NVDTPC ngày 22/8/2026.
Thuế GTGT đầu vào bị sai sót xử lý thế nào?
Cục Thuế cho biết việc xử lý thuế GTGT đầu vào kê khai, khấu trừ bị sai sót được thực hiện theo các quy định về:
Khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại Luật Thuế GTGT 2024;
Khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP;
Khai bổ sung hồ sơ khai thuế tại Luật Quản lý thuế 2025;
Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP;
Khoản 3 Điều 17 và Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Như vậy, khi phát hiện thuế GTGT đầu vào đã kê khai hoặc khấu trừ bị sai, doanh nghiệp cần xác định bản chất sai sót và ảnh hưởng đến số thuế phải nộp hoặc số thuế còn được khấu trừ để thực hiện khai bổ sung đúng quy định.
Khai bổ sung thuế GTGT khi số thuế còn được khấu trừ tăng
Theo Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC, trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau thì người nộp thuế lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ có sai sót.
Số thuế GTGT được điều chỉnh tăng được kê khai vào chỉ tiêu:
“Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước”
trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót.
Tuy nhiên, hướng dẫn này không áp dụng cho trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót. Đối với trường hợp này, cần thực hiện theo quy định riêng về xử lý thuế GTGT đầu vào bị sai sót.
Khai bổ sung khi làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ
Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau, cách xử lý phụ thuộc vào tình trạng hoàn thuế của doanh nghiệp.
Chưa đề nghị hoàn thuế
Nếu doanh nghiệp chưa đề nghị hoàn thuế, về nguyên tắc sẽ lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ có sai sót.
Số thuế GTGT được điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu:
“Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước”
trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót.
Đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn
Nếu doanh nghiệp đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được giải quyết hoàn và thuộc trường hợp được hủy hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp thực hiện thủ tục hủy hồ sơ hoàn thuế theo quy định.
Đồng thời, doanh nghiệp kê khai giảm số thuế đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung của kỳ có sai sót.
Phần thuế GTGT sau điều chỉnh nếu vẫn đáp ứng điều kiện khấu trừ thì được kê khai vào chỉ tiêu “Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.
Trường hợp đã được hoàn thuế
Nếu doanh nghiệp đã được cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế, doanh nghiệp phải khai bổ sung để:
Giảm số thuế đã đề nghị hoàn;
Tăng số thuế GTGT phải thu hồi hoàn trên hồ sơ khai bổ sung của kỳ có sai sót;
Nộp lại số thuế được xác định phải thu hồi;
Nộp tiền chậm nộp theo quy định.
Nếu phần thuế điều chỉnh giảm số hoàn vẫn đáp ứng điều kiện khấu trừ thì được kê khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.
Công văn 7118/CT-QLNT yêu cầu doanh nghiệp lưu ý gì?
Công văn 7118/CT-QLNT không đưa ra một cách xử lý riêng biệt ngoài quy định hiện hành mà dẫn chiếu đến hệ thống quy định về khấu trừ và khai bổ sung thuế GTGT.
Đặc biệt, Cục Thuế yêu cầu cơ quan thuế căn cứ vào:
Các quy định pháp luật nêu trên;
Hướng dẫn tại từng mẫu tờ khai GTGT của Thông tư 89/2026/TT-BTC;
Hồ sơ thực tế của doanh nghiệp;
để xử lý theo đúng quy định và thẩm quyền.
Kết luận
Theo Công văn 7118/CT-QLNT ngày 25/9/2026, trường hợp thuế GTGT đầu vào kê khai, khấu trừ bị sai sót phải được xử lý dựa trên quy định về khấu trừ thuế GTGT và khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Doanh nghiệp cần xác định rõ sai sót làm tăng hay giảm số thuế còn được khấu trừ, tăng hay giảm số thuế phải nộp, đồng thời xem xét doanh nghiệp đã đề nghị hoặc đã được hoàn thuế hay chưa để lựa chọn cách khai bổ sung phù hợp.
Thông tư 89/2026/TT-BTC và Phụ lục II kèm theo Thông tư là căn cứ quan trọng để xác định chỉ tiêu cần điều chỉnh trên tờ khai GTGT của kỳ có sai sót và kỳ phát hiện sai sót.
