Tổng hợp tình huống và 35 câu hỏi đáp về thuế, hóa đơn điện tử trong thương mại điện tử

Tổng hợp tình huống và 35 câu hỏi đáp về thuế, hóa đơn điện tử trong thương mại điện tử và bán hàng đa kênh

Cục Thuế đã xây dựng tài liệu tuyên truyền tổng hợp các tình huống thực tế và 35 câu hỏi – đáp liên quan đến thuế và hóa đơn điện tử trong hoạt động thương mại điện tử (TMĐT), bán hàng đa kênh. Tài liệu nhằm hỗ trợ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và người bán hàng hiểu rõ nghĩa vụ thuế, thực hiện đúng quy định về lập hóa đơn, kê khai doanh thu và lưu trữ chứng từ.

Nội dung được xây dựng trên cơ sở các quy định pháp luật về quản lý thuế và hóa đơn điện tử có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, trong đó có Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

1. Người bán hàng trên sàn TMĐT có phải lập hóa đơn điện tử không?

Một trong những vướng mắc phổ biến của hộ kinh doanh là việc sàn TMĐT đã khấu trừ, kê khai và nộp thuế thay thì người bán có còn phải lập hóa đơn điện tử hay không.

Theo hướng dẫn của Cục Thuế, nghĩa vụ lập hóa đơn và nghĩa vụ khấu trừ, kê khai, nộp thuế thay là hai vấn đề riêng biệt.

Người bán thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử vẫn phải lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, không phân biệt giao dịch được thực hiện trực tiếp hay thông qua sàn TMĐT. Nghĩa vụ này cũng không phụ thuộc vào việc người mua có yêu cầu lấy hóa đơn hay không.

Dữ liệu đơn hàng, thanh toán do sàn lưu trữ không thay thế hóa đơn điện tử, bởi mỗi loại dữ liệu có chức năng và giá trị pháp lý riêng.

Theo tài liệu hướng dẫn, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có doanh thu năm trên 1 tỷ đồng thuộc trường hợp phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế theo quy định. Trường hợp đáp ứng điều kiện, người bán có thể ủy nhiệm cho bên thứ ba, bao gồm sàn TMĐT, lập hóa đơn điện tử.

Nếu không ủy nhiệm cho sàn lập hóa đơn, người bán có thể yêu cầu chủ quản nền tảng cung cấp thông tin người mua, thông tin giao dịch, thời điểm giao hàng và trạng thái hoàn tất đơn hàng để thực hiện nghĩa vụ lập hóa đơn.

2. Khách đổi hoặc trả hàng sau khi xuất hóa đơn thì xử lý thế nào?

Đối với các đơn hàng phát sinh đổi hoặc trả hàng sau khi đã lập hóa đơn, hộ kinh doanh cần xử lý hóa đơn theo đúng quy định để bảo đảm dữ liệu doanh thu và thuế chính xác.

Theo điểm c khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi người mua trả lại toàn bộ hoặc một phần hàng hóa, hoặc đổi hàng làm thay đổi giá trị giao dịch, người bán thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh đối với hàng hóa đổi, trả theo quy định.

Việc điều chỉnh cần thể hiện rõ thông tin hóa đơn gốc và nội dung điều chỉnh. Các bên cần lưu giữ đầy đủ hồ sơ để phục vụ việc kê khai thuế, hạch toán và đối chiếu dữ liệu.

Trường hợp hai bên có thỏa thuận để người mua lập hóa đơn khi trả lại hàng hóa, người mua thực hiện lập hóa đơn điện tử giao cho người bán theo hướng dẫn áp dụng.

Đối với hàng hóa là tài sản phải đăng ký quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng, chẳng hạn xe máy đã đăng ký tên người mua, việc trả lại hàng cần tuân thủ quy định pháp luật liên quan. Nếu người mua thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử, người mua thực hiện lập hóa đơn trả lại hàng theo quy định.

Ngoài ra, đối với một số sai sót trên hóa đơn không làm sai các nội dung trọng yếu như mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn, người bán có thể thực hiện thông báo cho người mua và gửi thông báo sai sót theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT trong trường hợp đáp ứng điều kiện quy định, thay vì lập lại hóa đơn.

3. Doanh thu thực tế vượt ngưỡng trong năm có phải đổi phương pháp tính thuế ngay không?

Một tình huống được tài liệu đề cập là hộ kinh doanh đầu năm dự kiến doanh thu ở một mức nhất định nhưng sau đó hoạt động mở rộng khiến doanh thu thực tế vượt ngưỡng áp dụng phương pháp tính thuế.

Theo nội dung giải đáp của Cục Thuế, phương pháp tính thuế thu nhập cá nhân của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được xác định trên cơ sở doanh thu thực tế và được áp dụng ổn định trong năm. Việc chuyển sang phương pháp tính thuế mới được thực hiện từ năm tiếp theo khi đáp ứng điều kiện theo quy định.

Ví dụ, hộ kinh doanh đang áp dụng phương pháp tính thuế theo tỷ lệ trên doanh thu và trong năm 2026 phát sinh doanh thu vượt ngưỡng 3 tỷ đồng thì theo tình huống hướng dẫn, hộ tiếp tục áp dụng phương pháp đã xác định cho năm 2026; việc chuyển sang phương pháp tính thuế theo thu nhập tính thuế được xem xét từ năm 2027 nếu đủ điều kiện.

Để chuẩn bị cho việc thay đổi phương pháp tính thuế, hộ kinh doanh nên chủ động chuẩn hóa sổ sách, hóa đơn, chứng từ và hồ sơ chi phí ngay trong năm.

4. Doanh thu bán hàng trên nhiều kênh được xác định như thế nào?

Đối với hộ kinh doanh vừa bán tại cửa hàng, vừa bán qua website, mạng xã hội và sàn TMĐT, doanh thu cần được quản lý thống nhất theo cùng một chủ thể kinh doanh.

Doanh thu trên sàn TMĐT vẫn được tính vào tổng doanh thu của hộ kinh doanh, không tách riêng từng kênh để xác định ngưỡng doanh thu. Tuy nhiên, khi lập hóa đơn và xác định nghĩa vụ thuế, người bán vẫn cần theo dõi từng giao dịch và áp dụng quy định tương ứng với loại hàng hóa, dịch vụ.

Một vấn đề khác là số tiền thực tế sàn chuyển về thường thấp hơn tổng giá trị đơn hàng do đã khấu trừ các khoản phí dịch vụ, vận chuyển, quảng cáo, hoa hồng tiếp thị liên kết hoặc tiền thuế nộp thay.

Theo hướng dẫn trong tài liệu, không nên lấy số tiền thực nhận sau khấu trừ làm doanh thu kê khai thuế một cách mặc định. Người kinh doanh cần căn cứ vào doanh thu bán hàng, dữ liệu giao dịch và quy định về xác định doanh thu đối với từng loại thuế để kê khai chính xác.

Người bán nên đối chiếu báo cáo của các sàn, dữ liệu đơn hàng, hóa đơn điện tử, các khoản phí và chứng từ thanh toán. Khi cần thiết, có thể yêu cầu sàn cung cấp thông tin để xác định doanh thu.

5. Mua hàng hóa, nguyên liệu không có hóa đơn điện tử thì cần chứng từ gì?

Đối với hộ kinh doanh mua hàng từ nông dân, ngư dân, người trực tiếp sản xuất hoặc người bán không thuộc đối tượng phải lập hóa đơn điện tử, tài liệu hướng dẫn nêu rõ có thể sử dụng bảng kê mua hàng hóa, dịch vụ theo trường hợp được pháp luật cho phép.

Để chứng minh khoản chi thực tế phục vụ hoạt động kinh doanh, hồ sơ nên có các thông tin và tài liệu phù hợp, bao gồm:

• Bảng kê mua hàng hóa, dịch vụ ghi đầy đủ thông tin người bán, hàng hóa, số lượng, đơn giá và giá trị giao dịch.

• Phiếu giao nhận hàng, phiếu nhập kho hoặc phiếu cân nếu có.

• Đơn đặt hàng, giấy xác nhận mua bán hoặc tài liệu chứng minh giao dịch thực tế.

• Chứng từ thanh toán theo quy định.

• Hồ sơ chứng minh nguồn gốc hàng hóa hoặc giấy tờ liên quan đối với những mặt hàng thuộc diện cần kiểm soát.

Tài liệu cũng nhấn mạnh khoản chi phải thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động kinh doanh và có đầy đủ chứng từ theo quy định. Đối với khoản thanh toán thuộc diện bắt buộc, cần đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt.

Do đó, hộ kinh doanh không nên lập bảng kê thay cho hóa đơn trong mọi trường hợp. Cần xác định đúng người bán có thuộc đối tượng được phép sử dụng bảng kê hay không.

6. Hộ kinh doanh cần tổ chức hồ sơ kế toán và thuế ra sao?

Đối với mô hình kinh doanh nhiều điểm bán hoặc nhiều kênh, việc tổ chức lưu trữ hồ sơ khoa học giúp người kinh doanh dễ dàng đối chiếu doanh thu, chi phí, hàng tồn kho và chứng từ khi cơ quan thuế yêu cầu.

Có thể chia hồ sơ thành các nhóm chính:

Hồ sơ mua hàng đầu vào: Hợp đồng, thông tin nhà cung cấp, hóa đơn điện tử, bảng kê trong trường hợp được phép, phiếu giao hàng, phiếu nhập kho và chứng từ thanh toán.

Hồ sơ kho: Phiếu nhập – xuất – tồn, biên bản kiểm kê và hồ sơ điều chuyển hàng hóa giữa các địa điểm kinh doanh.

Hồ sơ bán hàng: Dữ liệu doanh thu theo từng cửa hàng, điểm bán và kênh trực tuyến; hóa đơn điện tử và thông tin địa điểm kinh doanh theo quy định.

Hồ sơ kế toán, thuế: Tờ khai thuế, chứng từ nộp thuế, sổ sách và các tài liệu liên quan theo chế độ kế toán áp dụng cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.

Việc quản lý đồng bộ giúp hộ kinh doanh đối chiếu nguồn hàng, giá vốn, doanh thu và dòng tiền; đồng thời giảm nguy cơ sai lệch giữa dữ liệu trên sàn, hóa đơn và hồ sơ khai thuế.

7. Cá nhân đã có mã số thuế thì mở hộ kinh doanh có phải đăng ký mã số thuế mới không?

Theo phần giải đáp được tổng hợp trong tài liệu, cá nhân đã có mã số thuế không phải xin thêm mã số thuế chỉ vì bắt đầu hoạt động dưới hình thức cá nhân kinh doanh hoặc hộ kinh doanh. Việc sử dụng mã định danh để thực hiện nghĩa vụ thuế được thực hiện theo quy định hiện hành.

Tuy nhiên, nếu lựa chọn hoạt động dưới hình thức hộ kinh doanh, cá nhân vẫn phải hoàn tất thủ tục đăng ký hộ kinh doanh tại cơ quan có thẩm quyền theo quy định.

Cá nhân cũng cần phân biệt thủ tục đăng ký kinh doanh với thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử. Đây là những thủ tục khác nhau và cần được thực hiện tương ứng với tình trạng hoạt động thực tế.

8. Cá nhân kinh doanh chưa đăng ký hộ kinh doanh có được sử dụng hóa đơn điện tử không?

Tài liệu của Cục Thuế cũng đề cập trường hợp cá nhân kinh doanh chưa đăng ký hộ kinh doanh nhưng có nhu cầu sử dụng hóa đơn điện tử.

Theo nội dung hướng dẫn, cá nhân kinh doanh vẫn có thể đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử nếu đáp ứng quy định áp dụng. Việc chưa đăng ký hộ kinh doanh không đồng nghĩa với việc mọi trường hợp đều không được đăng ký hóa đơn điện tử.

Người kinh doanh cần thực hiện đúng thủ tục đăng ký sử dụng hóa đơn, chuẩn bị chữ ký số và các thông tin cần thiết theo hướng dẫn của cơ quan thuế.

9. Những nội dung khác trong bộ 35 câu hỏi – đáp

Ngoài các tình huống nêu trên, bộ tài liệu còn hướng dẫn nhiều vấn đề liên quan đến hoạt động TMĐT và bán hàng đa kênh, giúp người nộp thuế nhận diện nghĩa vụ cần thực hiện trong thực tế.

Các nội dung tập trung vào:

• Nghĩa vụ lập hóa đơn khi bán hàng qua sàn TMĐT.

• Xử lý hóa đơn trong trường hợp đổi, trả hàng hoặc có sai sót.

• Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và sử dụng mã định danh thuế.

• Xác định doanh thu từ nhiều kênh bán hàng.

• Đối chiếu số liệu doanh thu, phí sàn và khoản thuế đã được khấu trừ, nộp thay.

• Chứng từ mua hàng hóa, nguyên liệu đầu vào và điều kiện ghi nhận chi phí.

• Quản lý sổ sách, lưu trữ hồ sơ và thực hiện nghĩa vụ kê khai, nộp thuế.

Đây là tài liệu hướng dẫn, hỗ trợ người nộp thuế tra cứu và hiểu rõ cách áp dụng quy định. Khi phát sinh tình huống cụ thể, người kinh doanh cần đối chiếu với văn bản quy phạm pháp luật đang có hiệu lực; nếu nội dung tài liệu hướng dẫn khác với quy định pháp luật thì thực hiện theo văn bản quy phạm pháp luật.

Kết luận

Bộ tài liệu tổng hợp tình huống và 35 câu hỏi – đáp của Cục Thuế là nguồn tham khảo giúp hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và người bán hàng đa kênh hiểu rõ hơn về nghĩa vụ thuế, lập hóa đơn điện tử, xử lý đơn hàng đổi trả và quản lý doanh thu.

Trong thực tế, người kinh doanh cần lưu ý ba điểm chính: xác định đúng doanh thu từ tất cả các kênh; thực hiện nghĩa vụ hóa đơn độc lập với việc sàn khấu trừ, nộp thuế thay; đồng thời lưu trữ đầy đủ chứng từ đầu vào, đầu ra và dữ liệu giao dịch. Việc chủ động chuẩn hóa quy trình kế toán, đối soát và lưu hồ sơ sẽ giúp hạn chế sai sót khi kê khai thuế và giải trình với cơ quan thuế.

Bài viết được eHKD tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.