Ngày đăng 29/09/2026Cập nhật 29/09/20261 phút đọc

Hướng dẫn cách khai bổ sung hồ sơ thuế khi làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau do sai sót theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, gồm trường hợp chưa hoàn thuế, đã đề nghị hoàn thuế và làm tăng số thuế GTGT phải nộp.

Từ ngày 01/7/2026, việc khai bổ sung hồ sơ thuế GTGT có sai sót được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Đối với trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau, cách xử lý phụ thuộc vào việc doanh nghiệp đã đề nghị hoàn thuế hay chưa và sai sót có làm tăng số thuế GTGT phải nộp hay không.

Khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau như thế nào?

Trường hợp chưa đề nghị hoàn thuế

Nếu người nộp thuế chưa đề nghị hoàn thuế, khi phát hiện sai sót thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.

Số thuế GTGT được khấu trừ điều chỉnh giảm của kỳ có sai sót được kê khai vào chỉ tiêu:

[37] – Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước

trên tờ khai thuế GTGT của kỳ phát hiện sai sót.

Tuy nhiên, quy định này có ngoại lệ đối với trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót. Trường hợp này thực hiện điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót theo hướng dẫn riêng của Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Trường hợp đã đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn

Nếu doanh nghiệp đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhưng chưa được hoàn thuế và thuộc trường hợp được hủy hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp thực hiện:

Gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế.
Kê khai giảm số tiền đề nghị hoàn trên hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.
Nếu khoản thuế GTGT điều chỉnh giảm vẫn đáp ứng điều kiện khấu trừ, số tiền này được kê khai vào chỉ tiêu [38] – Điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

Như vậy, doanh nghiệp cần đồng thời xử lý hồ sơ hoàn thuế và hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT.

Trường hợp đã được hoàn thuế

Nếu cơ quan thuế đã giải quyết hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn trước, khi phát hiện sai sót doanh nghiệp phải:

Khai bổ sung giảm số tiền thuế đề nghị hoàn.
Tăng số tiền thuế thu hồi hoàn tại tờ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.
Nộp lại số tiền thuế được thu hồi hoàn và tiền chậm nộp theo quy định.
Nếu khoản thuế GTGT bị điều chỉnh giảm vẫn đủ điều kiện khấu trừ thì kê khai vào chỉ tiêu [38] của kỳ phát hiện sai sót.

Trường hợp làm giảm thuế GTGT chưa khấu trừ hết và làm tăng thuế GTGT phải nộp

Đây là trường hợp doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý.

Nếu khai bổ sung làm:

Giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau
đồng thời
Tăng số thuế GTGT phải nộp của kỳ có sai sót

thì doanh nghiệp phải:

Lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai sót.
Nộp số thuế GTGT phải nộp tăng thêm.
Nộp tiền chậm nộp theo quy định.
Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết bị điều chỉnh giảm được kê khai vào chỉ tiêu [37] trên tờ khai GTGT của kỳ phát hiện sai sót.

Ví dụ cách xử lý

Doanh nghiệp phát hiện tờ khai GTGT tháng 5/2026 kê khai sai, làm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau bị ghi nhận cao hơn thực tế 50 triệu đồng.

Đến tháng 9/2026 doanh nghiệp phát hiện sai sót và chưa đề nghị hoàn thuế.

Khi đó, doanh nghiệp thực hiện:

Lập hồ sơ khai bổ sung cho tháng 5/2026.
Xác định lại số thuế GTGT còn được khấu trừ của tháng 5/2026.
Phần thuế GTGT còn được khấu trừ bị giảm 50 triệu đồng được điều chỉnh trên tờ khai GTGT của tháng 9/2026 tại chỉ tiêu [37].

Trường hợp việc điều chỉnh đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp của tháng 5/2026 thì doanh nghiệp phải nộp phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp theo quy định.

Hồ sơ khai bổ sung thuế GTGT gồm những gì?

Theo hướng dẫn hiện hành, hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT gồm:

Tờ khai bổ sung – Mẫu số 01/KHBS;
Bản giải trình khai bổ sung – Mẫu số 01-1/KHBS;
Hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót đã được bổ sung;
Các chứng từ, tài liệu liên quan nếu có.

Doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ chứng từ để giải trình nguồn gốc của khoản điều chỉnh khi cơ quan thuế yêu cầu.

Lưu ý về sai sót thuế GTGT đầu vào

Không phải trường hợp nào làm giảm thuế GTGT chưa khấu trừ hết cũng phải quay lại khai bổ sung kỳ gốc.

Theo hướng dẫn tại Phụ lục II Thông tư 89/2026/TT-BTC, nếu doanh nghiệp phát hiện thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót, thì thực hiện điều chỉnh vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] của tháng, quý phát hiện sai sót trong trường hợp việc điều chỉnh làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau. Trường hợp này không phải khai bổ sung hồ sơ của kỳ gốc.

Đây là điểm doanh nghiệp cần phân biệt để tránh khai sai kỳ.

Tóm tắt cách xử lý

Trường hợp	Cách xử lý chính
Chưa đề nghị hoàn thuế, giảm thuế GTGT còn khấu trừ	Khai bổ sung kỳ có sai sót; điều chỉnh giảm tại [37] của kỳ phát hiện
Đã đề nghị hoàn nhưng chưa được hoàn và được hủy hồ sơ	Hủy hồ sơ hoàn; nếu đủ điều kiện khấu trừ thì điều chỉnh tăng tại [38]
Đã được hoàn thuế	Khai giảm số hoàn, tăng số thuế thu hồi hoàn và nộp thuế thu hồi + tiền chậm nộp
Giảm thuế GTGT còn khấu trừ đồng thời tăng thuế phải nộp	Khai bổ sung kỳ sai sót, nộp thuế tăng thêm và tiền chậm nộp; điều chỉnh [37]
Phát hiện sai thuế GTGT đầu vào và chỉ ảnh hưởng số thuế còn khấu trừ chuyển kỳ sau	Điều chỉnh [37]/[38] tại kỳ phát hiện, không khai bổ sung kỳ gốc

Kết luận

Khi khai bổ sung làm giảm số thuế GTGT chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau, doanh nghiệp không nên chỉ căn cứ vào việc số thuế được khấu trừ tăng hay giảm mà cần xác định nguyên nhân sai sót, tình trạng hoàn thuế và ảnh hưởng đến số thuế phải nộp.

Đặc biệt, từ ngày 01/7/2026, Thông tư 89/2026/TT-BTC có hướng dẫn riêng đối với trường hợp phát hiện sai sót của thuế GTGT đầu vào, do đó cần xác định đúng trường hợp trước khi lựa chọn giữa khai bổ sung kỳ gốc và điều chỉnh tại kỳ phát hiện sai sót.

Căn cứ pháp lý: