Doanh nghiệp chế xuất chấm dứt dự án đầu tư có được hưởng thuế GTGT 0%?

Ngày 20/10/2026, Cục Thuế ban hành Công văn 7839/CT-QLNT hướng dẫn chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với doanh nghiệp chế xuất chấm dứt dự án đầu tư khi chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.

Theo hướng dẫn này, doanh nghiệp chế xuất trong trường hợp nêu trên không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan. Việc mua bán hàng hóa, dịch vụ với nhà cung cấp trong nước được xác định theo quan hệ mua bán giữa các doanh nghiệp nội địa; nhà cung cấp phải xử lý hóa đơn điện tử đã lập theo quy định.

1. Doanh nghiệp chế xuất chấm dứt dự án đầu tư có được áp dụng thuế GTGT 0% không?

Theo Công văn 7839/CT-QLNT ngày 20/10/2026, doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận tại một trong các giấy tờ sau:

• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

• Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh.

• Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất do cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp.

Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chấm dứt hoạt động dự án trước khi được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan.

Do đó, doanh nghiệp không được áp dụng thuế suất GTGT 0% theo chính sách dành cho doanh nghiệp chế xuất trong trường hợp này. Việc xác định thuế GTGT đối với giao dịch cụ thể vẫn cần căn cứ vào tính chất hàng hóa, dịch vụ và quy định thuế áp dụng.

2. Nhà cung cấp trong nước cần xử lý hóa đơn điện tử đã lập như thế nào?

Khi doanh nghiệp chế xuất không đáp ứng điều kiện để được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan theo hướng dẫn nêu trên, quan hệ mua bán hàng hóa, dịch vụ giữa doanh nghiệp và nhà cung cấp trong nước được xác định như giao dịch giữa các doanh nghiệp nội địa Việt Nam.

Theo Công văn 7839/CT-QLNT, nhà cung cấp trong nước thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đó theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Nhà cung cấp cần rà soát các hóa đơn liên quan, xác định nội dung cần điều chỉnh hoặc thay thế và thực hiện theo quy định về xử lý hóa đơn điện tử. Không nên tiếp tục giữ nguyên cách xử lý hóa đơn dựa trên giả định rằng doanh nghiệp mua hàng đã được hưởng chính sách thuế dành cho doanh nghiệp chế xuất.

3. Doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoạt động xuất khẩu có phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT không?

Theo điểm c khoản 3 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, được bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 91/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoạt động xuất khẩu thì không phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT.

Tuy nhiên, cần phân biệt quy định này với trường hợp doanh nghiệp chấm dứt dự án đầu tư khi chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.

Việc không phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT trong trường hợp chỉ có hoạt động xuất khẩu không đồng nghĩa với việc mọi doanh nghiệp đang đăng ký hoạt động chế xuất đều đương nhiên được hưởng thuế suất GTGT 0%. Doanh nghiệp cần xác định đúng tình trạng pháp lý và điều kiện áp dụng chính sách thuế của mình.

4. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi chấm dứt dự án đầu tư?

Để hạn chế rủi ro về thuế và hóa đơn, doanh nghiệp cùng nhà cung cấp nên lưu ý:

• Kiểm tra thời điểm được hưởng chính sách chế xuất: Đối chiếu giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, giấy chứng nhận điều chỉnh hoặc giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất.

• Xác định tình trạng đáp ứng điều kiện hải quan: Không mặc nhiên áp dụng chính sách thuế của khu phi thuế quan nếu chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện theo quy định.

• Rà soát hóa đơn đã lập: Nhà cung cấp cần kiểm tra các hóa đơn liên quan đến giao dịch với doanh nghiệp chế xuất để xác định việc điều chỉnh hoặc thay thế.

• Lưu giữ hồ sơ giao dịch: Các bên nên lưu hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và tài liệu liên quan đến dự án đầu tư để phục vụ việc đối chiếu, giải trình khi cần thiết.

Công văn 7839/CT-QLNT hướng dẫn một tình huống cụ thể. Khi xử lý giao dịch thực tế, doanh nghiệp cần đối chiếu đầy đủ hồ sơ và quy định pháp luật liên quan.

Kết luận

Theo Công văn 7839/CT-QLNT ngày 20/10/2026, doanh nghiệp chế xuất đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chấm dứt dự án khi chưa được xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan sẽ không được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan, bao gồm chính sách thuế GTGT 0% dành cho doanh nghiệp chế xuất. Nhà cung cấp trong nước cần rà soát và điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Bài viết được eHKD tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.