Khi doanh nghiệp chế xuất chuyển đổi mục tiêu dự án sang doanh nghiệp không hoạt động theo mục tiêu chế xuất trong quá trình đầu tư xây dựng, doanh nghiệp và nhà cung cấp phải xử lý các hóa đơn điện tử đã lập theo quy định. Tìm hiểu hướng dẫn tại Công văn 7552/CT-QLNT năm 2026 và quy định áp dụng từ ngày 01/7/2026.
Khi doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất nhưng sau đó chuyển đổi mục tiêu dự án trong quá trình đầu tư xây dựng, các hóa đơn điện tử đã lập trước đó có phải điều chỉnh hoặc thay thế không?
Theo hướng dẫn tại Công văn 7552/CT-QLNT ngày 12/10/2026 của Cục Thuế, trong trường hợp này, doanh nghiệp và nhà cung cấp phải thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập theo quy định tương ứng.
1. Chuyển đổi mục tiêu dự án, doanh nghiệp chế xuất có phải điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập không?
Theo Công văn 7552/CT-QLNT năm 2026, trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là doanh nghiệp chế xuất nhưng trong quá trình đầu tư xây dựng đã chuyển đổi mục tiêu dự án sang doanh nghiệp không hoạt động theo mục tiêu của doanh nghiệp chế xuất, nhà cung cấp và doanh nghiệp phải thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đó.
Việc xử lý hóa đơn được thực hiện theo quy định tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP; từ ngày 01/7/2026, thực hiện theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Như vậy, doanh nghiệp và nhà cung cấp cần rà soát các hóa đơn đã lập trong giai đoạn liên quan để xác định phương án xử lý phù hợp, thay vì tiếp tục sử dụng hóa đơn cũ mà không xem xét ảnh hưởng của việc thay đổi mục tiêu dự án.
2. Khi nào doanh nghiệp chế xuất được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan?
Căn cứ khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất được hưởng ưu đãi đầu tư và chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận trong một trong các giấy tờ sau:
Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;
Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh;
Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền.
Sau khi hoàn thành quá trình xây dựng, doanh nghiệp chế xuất phải được cơ quan hải quan có thẩm quyền xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi chính thức đi vào hoạt động.
Nếu không được xác nhận đáp ứng các điều kiện này, doanh nghiệp không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan.
Do đó, khi mục tiêu dự án thay đổi từ doanh nghiệp chế xuất sang doanh nghiệp không hoạt động theo mục tiêu chế xuất, doanh nghiệp cần rà soát lại hồ sơ đầu tư, tình trạng đáp ứng điều kiện hải quan và các hóa đơn đã phát sinh để xử lý đúng quy định.
3. Xử lý hóa đơn điện tử đã lập trước ngày 01/7/2026 như thế nào?
Việc xử lý hóa đơn cần căn cứ vào thời điểm lập hóa đơn và văn bản pháp luật áp dụng đối với hóa đơn đó.
Theo hướng dẫn tại Công văn 7552/CT-QLNT năm 2026:
Đối với hóa đơn thuộc phạm vi áp dụng của Nghị định 70/2025/NĐ-CP: Thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn theo quy định tương ứng.
Từ ngày 01/7/2026: Việc xử lý hóa đơn điện tử đã lập thực hiện theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Đối với hóa đơn đã lập trước ngày 01/7/2026, doanh nghiệp không nên mặc định tất cả hóa đơn đều phải xử lý theo cùng một cách. Cần xác định hóa đơn được lập theo văn bản nào, nội dung cần xử lý và quy định chuyển tiếp tương ứng.
Khi thực hiện, doanh nghiệp nên đối chiếu thông tin trên hóa đơn, hồ sơ giao dịch, giấy tờ điều chỉnh mục tiêu dự án và chứng từ liên quan để xác định cách xử lý phù hợp.
4. Doanh nghiệp cần thực hiện những gì khi chuyển đổi mục tiêu dự án?
Để hạn chế sai sót về hóa đơn và thuế, doanh nghiệp chế xuất nên thực hiện các công việc sau:
Bước 1: Rà soát hồ sơ pháp lý của dự án
Kiểm tra Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ban đầu, giấy chứng nhận điều chỉnh và các giấy tờ liên quan đến việc thay đổi mục tiêu dự án.
Bước 2: Kiểm tra các hóa đơn đã lập
Lập danh sách hóa đơn phát sinh trong giai đoạn liên quan, xác định người bán, người mua, thời điểm lập hóa đơn và nội dung giao dịch.
Bước 3: Xác định phương án xử lý hóa đơn
Căn cứ quy định áp dụng tại thời điểm lập hóa đơn và hướng dẫn tại Công văn 7552/CT-QLNT năm 2026 để xác định trường hợp cần điều chỉnh hoặc thay thế.
Bước 4: Phối hợp với nhà cung cấp
Trao đổi với nhà cung cấp để thống nhất thông tin cần xử lý và thực hiện thủ tục theo quy định. Đồng thời, lưu giữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ và tài liệu giải trình.
Bước 5: Rà soát nghĩa vụ thuế liên quan
Kiểm tra ảnh hưởng của việc chuyển đổi mục tiêu dự án đối với việc áp dụng chính sách thuế, thuế giá trị gia tăng và hồ sơ kê khai có liên quan. Trường hợp phát hiện sai sót trong kê khai, doanh nghiệp cần xử lý theo quy định về khai bổ sung tương ứng.
Kết luận
Theo Công văn 7552/CT-QLNT ngày 12/10/2026, doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư là doanh nghiệp chế xuất nhưng chuyển đổi mục tiêu dự án sang doanh nghiệp không hoạt động theo mục tiêu chế xuất trong quá trình đầu tư xây dựng phải phối hợp với nhà cung cấp để điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đó.
Từ ngày 01/7/2026, việc xử lý hóa đơn thuộc trường hợp này thực hiện theo Thông tư 91/2026/TT-BTC. Doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ pháp lý, hóa đơn và nghĩa vụ thuế liên quan để áp dụng đúng quy định.
Bài viết được eHKD tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.
