Hướng dẫn xử lý hóa đơn điện tử: Khi nào điều chỉnh, thay thế hoặc lập mới?

Trong quá trình bán hàng và cung cấp dịch vụ, doanh nghiệp có thể phát sinh nhiều trường hợp cần xử lý hóa đơn điện tử như chiết khấu thương mại, khách hàng trả lại hàng, thay đổi giá trị quyết toán hoặc điều chỉnh giao dịch đã phát sinh. Tùy từng tình huống, doanh nghiệp cần xác định hình thức xử lý phù hợp: lập hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế, hóa đơn mới hoặc hóa đơn trả lại.

Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, một số trường hợp đặc thù được hướng dẫn xử lý như sau.

1. Khi nào cần lập hóa đơn thay thế?

Hóa đơn thay thế được áp dụng đối với một số trường hợp cụ thể theo quy định, bao gồm:

• Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền thuộc trường hợp được quy định tại điểm c khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

• Hóa đơn bán tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng thuộc trường hợp được quy định tại điểm c khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Khi phát sinh các tình huống trên, doanh nghiệp cần đối chiếu đúng điều kiện và trình tự xử lý theo quy định để xác định việc lập hóa đơn thay thế.

2. Những trường hợp cần lập hóa đơn điều chỉnh

Theo khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, một số trường hợp đặc thù được xử lý bằng cách lập hóa đơn điều chỉnh, bao gồm:

• Chiết khấu thương mại: Chiết khấu được xác định theo doanh số hoặc số lượng hàng hóa, dịch vụ.

• Khách hàng trả lại hàng hóa: Người mua trả lại toàn bộ hoặc một phần hàng hóa theo quy định.

• Hoàn phí, giảm phí hoặc giảm hoa hồng môi giới bảo hiểm: Bao gồm các khoản chi nhằm giảm các khoản thu khác thuộc trường hợp được quy định.

• Hủy hoặc chấm dứt giao dịch: Áp dụng đối với một số giao dịch dịch vụ, bất động sản, xây dựng đã thu tiền trước.

• Hoàn phí dịch vụ ngân hàng: Ngân hàng hoặc tổ chức thanh toán hoàn phí dịch vụ cho khách hàng.

• Điều chỉnh thanh toán bằng thẻ trả trước: Áp dụng đối với doanh nghiệp viễn thông trong trường hợp được quy định.

• Chênh lệch tỷ giá khi thanh toán tiền khí thiên nhiên: Xử lý theo quy định tương ứng tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất giao dịch và căn cứ pháp lý tương ứng trước khi lập hóa đơn điều chỉnh.

3. Trường hợp nào phải lập hóa đơn mới?

Không phải mọi trường hợp điều chỉnh giá trị hoặc khối lượng đều xử lý bằng hóa đơn điều chỉnh. Theo hướng dẫn tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, một số tình huống phải lập hóa đơn mới, gồm:

• Điều chỉnh giá trị quyết toán dự án đầu tư: Khi có thay đổi về giá hoặc khối lượng theo trường hợp được quy định.

• Điều chỉnh giá trị, khối lượng theo kết luận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền: Việc lập hóa đơn thực hiện theo căn cứ và nội dung kết luận thuộc trường hợp áp dụng.

• Điều chỉnh giá bán buôn điện: Áp dụng đối với giao dịch giữa EVN với các Tổng công ty Điện lực và giữa các Tổng công ty Điện lực với các Công ty Điện lực theo quy định.

Vì vậy, trước khi lập hóa đơn, doanh nghiệp nên kiểm tra trường hợp phát sinh có thuộc nhóm phải lập hóa đơn mới hay không, tránh áp dụng nhầm hình thức xử lý.

4. Khi nào người mua lập hóa đơn trả lại hàng hóa?

Đối với tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng đã sang tên người mua, khi phát sinh việc trả lại hàng hóa, người mua có thể phải lập hóa đơn trả lại nếu thuộc đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử và đáp ứng điều kiện theo quy định tại tiết c2 điểm c khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp cần kiểm tra loại tài sản, tình trạng đăng ký quyền sở hữu và tư cách sử dụng hóa đơn của người mua để xác định trách nhiệm lập hóa đơn trong trường hợp cụ thể.

5. Thời điểm lập hóa đơn bán hàng hóa

Theo Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP được bài viết nguồn dẫn chiếu, thời điểm lập hóa đơn đối với hoạt động bán hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phụ thuộc vào việc người bán đã thu được tiền hay chưa.

Đối với hàng hóa xuất khẩu, bao gồm cả gia công xuất khẩu, thời điểm lập hóa đơn thương mại điện tử, hóa đơn giá trị gia tăng điện tử hoặc hóa đơn bán hàng điện tử do người bán xác định, nhưng chậm nhất không quá ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan theo quy định pháp luật về hải quan.

Doanh nghiệp cần xác định đúng thời điểm lập hóa đơn theo loại giao dịch để bảo đảm việc lập và quản lý hóa đơn phù hợp quy định.

6. Xử lý khi hóa đơn điện tử gặp sự cố

Theo Điều 14 Nghị định 254/2026/NĐ-CP được bài viết nguồn viện dẫn, cách xử lý phụ thuộc vào nguyên nhân gây ra sự cố:

• Sự cố khiến người bán không sử dụng được hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế: Người bán liên hệ cơ quan thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ để được hỗ trợ. Trong thời gian xử lý, nếu có nhu cầu sử dụng hóa đơn có mã, người bán thực hiện theo hướng dẫn của cơ quan thuế.

• Hệ thống cấp mã của cơ quan thuế gặp sự cố: Cơ quan thuế có trách nhiệm triển khai phương án dự phòng, thông báo phạm vi ảnh hưởng và thời gian dự kiến khắc phục; đồng thời thực hiện các biện pháp hỗ trợ theo quy định.

• Hạ tầng kỹ thuật của đơn vị cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử gặp sự cố: Đơn vị cung cấp dịch vụ cần thông báo cho người bán, phối hợp xử lý và hỗ trợ việc lập hóa đơn.

• Hệ thống quản lý thuế chưa tiếp nhận được dữ liệu hóa đơn điện tử không có mã: Việc chuyển dữ liệu được thực hiện theo hướng dẫn và thời hạn quy định sau khi hệ thống hoạt động bình thường trở lại.

• Trường hợp bất khả kháng: Nếu đáp ứng điều kiện theo quy định, người bán được thực hiện việc lập và gửi hóa đơn trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày sự cố được khắc phục, đồng thời phải lưu giữ tài liệu chứng minh và ghi chép sổ sách kế toán theo yêu cầu.

Doanh nghiệp nên xác định rõ nguyên nhân sự cố, lưu lại thông báo và chứng từ liên quan để có căn cứ giải trình khi cần thiết.

7. Lưu ý khi xử lý hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp không nên áp dụng cùng một cách xử lý cho tất cả các trường hợp phát sinh. Việc lựa chọn hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế, hóa đơn mới hay hóa đơn trả lại cần căn cứ vào bản chất giao dịch và điều khoản pháp luật áp dụng cho từng tình huống.

Trước khi lập hóa đơn, kế toán nên kiểm tra lại nội dung giao dịch, hồ sơ mua bán, biên bản trả hàng hoặc thỏa thuận điều chỉnh (nếu có), đồng thời đối chiếu quy định hiện hành để xác định đúng hình thức và trình tự thực hiện.

Các quy định về hóa đơn điện tử có thể được sửa đổi, bổ sung theo thời gian. Vì vậy, doanh nghiệp cần kiểm tra hiệu lực của văn bản pháp luật và hướng dẫn của cơ quan thuế tại thời điểm phát sinh giao dịch trước khi thực hiện.

8. Kết luận

Việc xử lý hóa đơn điện tử cần được thực hiện theo đúng từng trường hợp cụ thể. Hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế, hóa đơn mới và hóa đơn trả lại có phạm vi áp dụng khác nhau. Xác định đúng hình thức ngay từ đầu sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót trong công tác kế toán, kê khai thuế và quản lý hóa đơn.

Lưu ý: Bài viết chỉ mang tính chất tham khảo, không thay thế cho ý kiến tư vấn pháp lý đối với từng trường hợp cụ thể. Các quy định được đề cập có thể thay đổi hoặc hết hiệu lực tại thời điểm áp dụng. Doanh nghiệp nên kiểm tra văn bản pháp luật hiện hành và hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền trước khi thực hiện.