Khi doanh nghiệp thao tác nhầm khiến hóa đơn điện tử đã được cấp mã và gửi cho người mua bị hủy, cần xử lý theo quy định về hóa đơn sai sót. Theo hướng dẫn tại Công văn 13203/NBI-QLDN3 năm 2026, trường hợp này phải lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn đã bị hủy nhầm.
1. Hướng dẫn xử lý hóa đơn điện tử bị hủy do thao tác sai như thế nào?
Căn cứ khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có sai sót, người bán thực hiện xử lý theo tính chất của nội dung sai.
Cụ thể:
Sai tên, địa chỉ người mua hoặc một số nội dung không ảnh hưởng đến các thông tin quan trọng: Người bán thông báo cho người mua về hóa đơn sai sót và thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04/SS-HĐĐT, không phải lập lại hóa đơn trong trường hợp thuộc diện quy định.
Sai mã số thuế, tên hàng hóa, quy cách, chất lượng, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc nội dung bắt buộc khác: Người bán có thể lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn mới thay thế theo quy định.
Đối với trường hợp doanh nghiệp thao tác nhầm làm hủy hóa đơn điện tử đã được cơ quan thuế cấp mã và gửi cho người mua, Công văn 13203/NBI-QLDN3 năm 2026 hướng dẫn rằng hóa đơn đã bị hủy không còn giá trị sử dụng. Doanh nghiệp phải lập hóa đơn điện tử mới theo hình thức thay thế cho hóa đơn đã bị hủy nhầm.
Hóa đơn thay thế phải có dòng chữ:
“Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm”.
Sau đó, người bán ký số trên hóa đơn mới và thực hiện gửi hóa đơn cho người mua hoặc gửi cơ quan thuế để cấp mã, tùy theo loại hóa đơn đang sử dụng.
2. Quy định chuyển tiếp khi xử lý hóa đơn điện tử đã lập theo quy định cũ
Theo khoản 2 Điều 24 Thông tư 91/2026/TT-BTC, trường hợp phát hiện hóa đơn đã lập theo Nghị định 51/2010/NĐ-CP, Nghị định 04/2014/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn trước đây có sai sót, người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai.
Sau đó, người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế hóa đơn đã lập sai và cập nhật đầy đủ thông tin về hóa đơn bị thay thế.
Hóa đơn thay thế phải ghi rõ thông tin hóa đơn cũ theo mẫu quy định, đồng thời được ký số và gửi cho người mua hoặc gửi cơ quan thuế để cấp mã, tùy loại hóa đơn.
Đối với hóa đơn đã lập theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC, việc điều chỉnh hoặc thay thế được thực hiện theo quy định tương ứng.
3. Những trường hợp nào không phải sử dụng hóa đơn điện tử?
Theo Điều 7 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, một số trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử từ ngày 01/7/2026 bao gồm:
Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh bán hàng hóa, dịch vụ thuộc trường hợp lập bảng kê thu mua theo quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp, trừ trường hợp đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có thu nhập từ cho thuê bất động sản hoặc cung cấp một số sản phẩm, dịch vụ nội dung thông tin số cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài theo quy định.
Hoạt động đại lý xổ số, đại lý bảo hiểm và đại lý bán hàng đa cấp trong trường hợp doanh nghiệp đã khấu trừ thuế theo quy định.
Một số khoản thu từ tái bảo hiểm, nhận tiền gửi, hoạt động tài chính, bán nợ, giao dịch ngoại tệ và sản phẩm phái sinh thuộc phạm vi quy định.
Góp vốn bằng tài sản vào tổ chức kinh tế.
Điều chuyển tài sản trong nội bộ doanh nghiệp hoặc khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập và chuyển đổi loại hình doanh nghiệp theo quy định.
Cho mượn máy móc, thiết bị là tài sản cố định và công cụ, dụng cụ phục vụ gia công hàng hóa, không thu tiền và không chuyển quyền sở hữu trong trường hợp được quy định.
Một số trường hợp sử dụng hàng hóa, dịch vụ nội bộ hoặc khoản thu không phát sinh từ hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ theo pháp luật về thuế GTGT.
Người nộp thuế cần đối chiếu từng giao dịch với Điều 7 Nghị định 254/2026/NĐ-CP để xác định có thuộc trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử hay không.
Kết luận
Khi thao tác sai dẫn đến hủy nhầm hóa đơn điện tử đã được cấp mã và gửi cho người mua, doanh nghiệp cần lập hóa đơn điện tử mới thay thế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 10 và khoản 2 Điều 24 Thông tư 91/2026/TT-BTC cùng hướng dẫn tại Công văn 13203/NBI-QLDN3 năm 2026.
Doanh nghiệp cần kiểm tra chính xác thông tin hóa đơn cũ, ghi đầy đủ thông tin thay thế, ký số và gửi hóa đơn mới đúng quy trình. Việc xử lý kịp thời giúp bảo đảm hồ sơ hóa đơn và dữ liệu kê khai thuế được nhất quán.
Bài viết được eHKD tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.
