Hướng xử lý tờ khai xuất nhập khẩu phi thuế quan tồn đọng do khai sai

Ngày 08/10/2026, Cục Hải quan ban hành Công văn 22720/CHQ-GSQL năm 2026 hướng dẫn xử lý các tờ khai xuất nhập khẩu phi thuế quan chưa được xác nhận qua khu vực giám sát do khai báo không thống nhất chỉ tiêu số quản lý nội bộ giữa tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu.

Hướng dẫn này nhằm tháo gỡ tình trạng tồn đọng tờ khai phát sinh trong quá trình thực hiện quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa.

1. Vì sao tờ khai xuất nhập khẩu phi thuế quan bị tồn đọng?

Theo Công văn 22720/CHQ-GSQL năm 2026, vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện Thông tư 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025 của Bộ Tài chính.

Một số doanh nghiệp khai báo chưa thống nhất thông tin tại chỉ tiêu “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp” giữa tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu tương ứng. Điều này khiến tờ khai chưa được xác nhận qua khu vực giám sát.

Các trường hợp được rà soát gồm:

• Tờ khai xuất khẩu khai mã “#&XKPTQ”, trong khi tờ khai nhập khẩu khai “#&NKTC#&Số tờ khai xuất khẩu tương ứng”.

• Tờ khai xuất khẩu khai mã “#&XKTC”, trong khi tờ khai nhập khẩu khai “#&NKPTQ#&Số tờ khai xuất khẩu tương ứng”.

Việc khai báo không thống nhất cần được rà soát, đối chiếu để cơ quan hải quan có cơ sở hỗ trợ xử lý các tờ khai còn tồn đọng.

2. Hướng dẫn khai báo số quản lý nội bộ theo Công văn 20991/CHQ-GSQL

Cục Hải quan yêu cầu hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện khai báo theo Công văn 20991/CHQ-GSQL ngày 26/08/2026. Cụ thể, cách khai báo được xác định theo từng trường hợp giao dịch.

Trường hợp 1: Giao dịch giữa doanh nghiệp chế xuất và doanh nghiệp nội địa, giữa hai doanh nghiệp chế xuất hoặc với chi nhánh

Đối với các tờ khai đăng ký từ ngày 09/09/2026, doanh nghiệp khai báo số quản lý nội bộ theo hướng dẫn tại Thông tư 121/2025/TT-BTC:

• Tờ khai xuất khẩu: Doanh nghiệp xuất khẩu khai “#&XKPTQ” tại ô “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp”.

• Tờ khai nhập khẩu: Doanh nghiệp nhập khẩu khai “#&NKPTQ#&” kèm số tờ khai xuất khẩu tương ứng của doanh nghiệp xuất khẩu, gồm 11 ký tự đầu, tại ô “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp”.

Doanh nghiệp cần kiểm tra thông tin giữa hai tờ khai để bảo đảm việc khai báo thống nhất.

Trường hợp 2: Doanh nghiệp chế xuất giao hàng theo chỉ định của thương nhân nước ngoài

Đối với trường hợp doanh nghiệp chế xuất mua bán, gia công, thuê hoặc mượn hàng hóa với thương nhân nước ngoài và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao hàng cho doanh nghiệp nội địa hoặc doanh nghiệp chế xuất tại Việt Nam, việc khai báo thực hiện theo Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Cụ thể:

• Tờ khai xuất khẩu: Doanh nghiệp xuất khẩu khai “#&XKTC” tại ô “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp”.

• Tờ khai nhập khẩu: Doanh nghiệp nhập khẩu khai “#&NKTC#&” kèm số tờ khai xuất khẩu tương ứng của doanh nghiệp xuất khẩu, gồm 11 ký tự đầu, tại ô “Số quản lý nội bộ doanh nghiệp”.

Doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất giao dịch trước khi lựa chọn mã khai báo, tránh nhầm lẫn giữa trường hợp xuất nhập khẩu phi thuế quan và trường hợp xuất nhập khẩu tại chỗ theo chỉ định của thương nhân nước ngoài.

3. Cách xử lý các tờ khai đã tồn đọng do khai sai

Đối với các tờ khai còn tồn đọng do thông tin số quản lý nội bộ trên tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu không thống nhất, Cục Hải quan hướng dẫn thực hiện các bước sau:

Bước 1: Rà soát các tờ khai tồn đọng

Doanh nghiệp phối hợp với Chi cục Hải quan khu vực để rà soát, thống kê những tờ khai chưa được xác nhận qua khu vực giám sát do khai báo không thống nhất.

Bước 2: Đối chiếu thông tin giữa hai tờ khai

Kiểm tra số quản lý nội bộ đã khai trên tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu tương ứng. Cần xác định rõ trường hợp giao dịch để đối chiếu với hướng dẫn tại Công văn 20991/CHQ-GSQL và Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Bước 3: Lập danh sách tờ khai cần hỗ trợ

Tổng hợp danh sách các tờ khai còn tồn đọng, trong đó phải cung cấp đầy đủ số tờ khai xuất khẩu và số tờ khai nhập khẩu tương ứng để cơ quan hải quan có căn cứ đối chiếu.

Bước 4: Gửi danh sách để được kiểm tra, hỗ trợ

Chi cục Hải quan khu vực gửi danh sách về Bộ phận Hỗ trợ thuộc Ban Công nghệ thông tin và Thống kê Hải quan theo hướng dẫn của Cục Hải quan để được kiểm tra, hỗ trợ xử lý.

Việc cung cấp đầy đủ thông tin của hai tờ khai tương ứng là cơ sở quan trọng để cơ quan hải quan xác định và xử lý các trường hợp tồn đọng.

4. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi xử lý tờ khai tồn đọng?

Để hạn chế phát sinh vướng mắc trong quá trình làm thủ tục hải quan, doanh nghiệp nên lưu ý:

• Khai đúng mã quản lý nội bộ: Phân biệt rõ trường hợp xuất nhập khẩu phi thuế quan với trường hợp giao hàng theo chỉ định của thương nhân nước ngoài.

• Đối chiếu thông tin giữa hai tờ khai: Bảo đảm số quản lý nội bộ và số tờ khai xuất khẩu liên quan được khai báo theo đúng hướng dẫn.

• Rà soát các tờ khai cũ: Đặc biệt lưu ý những tờ khai chưa được xác nhận qua khu vực giám sát do khai báo không thống nhất.

• Chuẩn bị danh sách đầy đủ: Ghi rõ số tờ khai xuất khẩu và số tờ khai nhập khẩu tương ứng khi đề nghị hỗ trợ.

• Theo dõi hướng dẫn của cơ quan hải quan: Cập nhật các văn bản liên quan để thực hiện thống nhất trong quá trình khai báo.

Kết luận

Theo Công văn 22720/CHQ-GSQL năm 2026, các tờ khai xuất nhập khẩu phi thuế quan tồn đọng do khai sai hoặc không thống nhất số quản lý nội bộ cần được rà soát, đối chiếu theo hướng dẫn tại Công văn 20991/CHQ-GSQL và Thông tư 121/2025/TT-BTC.

Doanh nghiệp cần xác định đúng loại giao dịch, kiểm tra thông tin giữa tờ khai xuất khẩu và nhập khẩu, đồng thời phối hợp với cơ quan hải quan để tổng hợp danh sách và đề nghị hỗ trợ xử lý.

Bài viết được eHKD tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.