Cơ quan thuế có được kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra không? Tìm hiểu quy định về quyết định kiểm tra thuế, thời hạn gửi và công bố quyết định theo Luật Quản lý thuế 2025 và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Cơ quan thuế có được kiểm tra doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra không?
Khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, việc tuân thủ đúng trình tự, thủ tục là yêu cầu quan trọng nhằm bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của người nộp thuế. Vậy cơ quan thuế có được kiểm tra doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra thuế không? Doanh nghiệp cần lưu ý những quy định nào để bảo vệ quyền lợi của mình?
1. Cơ quan thuế có được kiểm tra doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra không?
Câu trả lời là không. Theo quy định tại điểm a khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC, việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi đã có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
Cụ thể, người đứng đầu cơ quan thuế có thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với các trường hợp thuộc diện kiểm tra theo quy định. Quyết định phải xác định nội dung và thời kỳ kiểm tra theo quy định pháp luật, trừ trường hợp kiểm tra hoàn thuế có quy định riêng.
Như vậy, cơ quan thuế không được tiến hành kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra theo đúng quy định.
Căn cứ pháp lý:
Điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.
Điểm a khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
2. Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi và công bố trong thời hạn nào?
Theo điểm a và điểm b khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC, trình tự ban hành, gửi và công bố quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện như sau:
Thứ nhất, về thời hạn gửi quyết định kiểm tra
Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký.
Thứ hai, về thời hạn công bố quyết định kiểm tra
Quyết định kiểm tra thuế được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành, trừ trường hợp phải bãi bỏ quyết định kiểm tra hoặc hoãn thời gian kiểm tra theo quy định.
Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố quyết định kiểm tra và lập biên bản công bố theo mẫu số 08/KTT thuộc Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Thứ ba, về quyết định kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế
Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, quyết định kiểm tra phải được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, theo các trường hợp được quy định tại Thông tư.
Doanh nghiệp cần phân biệt rõ thời hạn ban hành, thời hạn gửi và thời hạn công bố quyết định kiểm tra vì đây là những mốc thời gian khác nhau trong trình tự thực hiện kiểm tra thuế.
3. Cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp trong những trường hợp nào?
Theo điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp được quy định, bao gồm:
Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế.
Được lựa chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề kiểm tra.
Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền.
Người nộp thuế có rủi ro cao trong các trường hợp như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.
Các trường hợp chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.
Việc thuộc một trong các trường hợp nêu trên là căn cứ để cơ quan thuế xem xét thực hiện kiểm tra. Tuy nhiên, khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp, cơ quan thuế vẫn phải tuân thủ trình tự, thủ tục và ban hành quyết định kiểm tra theo quy định.
4. Doanh nghiệp cần lưu ý gì khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra?
Để chủ động bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình, doanh nghiệp nên lưu ý một số vấn đề sau:
Kiểm tra quyết định kiểm tra thuế: Khi đoàn kiểm tra đến làm việc, doanh nghiệp cần đề nghị xuất trình hoặc kiểm tra quyết định kiểm tra thuế theo quy định.
Đối chiếu phạm vi kiểm tra: Kiểm tra các nội dung, thời kỳ được ghi trong quyết định để chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và tài liệu liên quan.
Lưu trữ hồ sơ thuế đầy đủ: Chuẩn bị tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, chứng từ kế toán, sổ sách và các tài liệu có liên quan đến nội dung kiểm tra.
Theo dõi trình tự, thủ tục: Lưu ý thời hạn gửi, công bố quyết định kiểm tra và các biên bản được lập trong quá trình làm việc.
Trao đổi khi phát hiện dấu hiệu chưa đúng quy định: Nếu phát hiện việc kiểm tra chưa đáp ứng yêu cầu về quyết định hoặc trình tự, thủ tục, doanh nghiệp nên ghi nhận sự việc, đề nghị cơ quan thuế giải thích và thực hiện quyền khiếu nại, kiến nghị theo quy định pháp luật khi có căn cứ.
Doanh nghiệp cần lưu ý rằng việc kiểm tra hồ sơ thuế tại cơ quan quản lý thuế và việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là các hình thức khác nhau. Quy định yêu cầu phải có quyết định kiểm tra trước khi tiến hành kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp không đồng nghĩa với việc mọi hoạt động rà soát, xử lý hồ sơ thuế của cơ quan thuế đều phải thực hiện theo cùng một thủ tục.
5. Kết luận
Cơ quan thuế không được tiến hành kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp khi chưa ban hành quyết định kiểm tra thuế theo quy định tại điểm a khoản 7 Điều 88 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Quyết định kiểm tra phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành, trừ các trường hợp ngoại lệ được quy định.
Doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra quyết định, chuẩn bị hồ sơ và theo dõi việc thực hiện đúng trình tự, thủ tục để bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của mình.
Bài viết được tổng hợp từ nhiều nguồn và chỉ mang tính chất tham khảo.
